¿Cómo contabilizar una autofactura?

Según el Reglamento de Facturación, artículos 1,2,3,4 y 7, todo empresario está obligado a expedir y entregar factura por todas y cada una de las operaciones de entrega de bienes o prestación de servicios que realice, incluso las de autoconsumo, debiendo conservar copia de la misma. En los supuestos de inversión del sujeto pasivo, los empresarios y profesionales deben emitir factura (autofactura) que contenga la liquidación del impuesto y los datos de identificación del documento del expedidor, del destinatario, y de la operación más los referentes al precio de los bienes y servicios, y de la compensación efectuada.
En tu caso, creo que la pregunta viene más bien de que has realizado una compra intracomunitaria y habrás recibido una factura con el IVA al 0%. Contablemente únicamente lo contabilizaría como una factura normal (con la peculiaridad de que su IVA es cero). La factura se incluirá en el registro normal de facturas recibidas.
A la hora de cumplimentar el modelo 300, en la casilla 19 deberás incluir la base de dicha factura, y en la casilla 20 el IVA que le hubiese correspondido. Más adelante, en la casilla 24, volverás a poner el IVA que le hubiese correspondido, con lo que la cantidad que te repercutes y que soportas será la misma, quedando la declaración compensada.
Si necesitas alguna aclaración, dame las cantidades de la factura y te daré los asientos contables.

Hola otra vez Twill:
Agradezco mucho tú interés y celeridad.
Te facilito la cifra exacta de la compra para el asiento: 5.000 Euros.
¿Puedo deducirme el 16% de IVA soportado?
Gracias y un saludo.