Conflicto IVA entre proveedor y cliente

Hola mrives, soy nuevo en una empresa llevando la contabilidad y me han plantedo un problema con el IVA que tienen con su único proveedor. El Proveedor es una empresa alemana que suministra mercancías a través de su filial en Madrid a la empresa que trabajo, esta a su vez tiene un acuerdo con la alemana, es una especie de franquicia del grupo alemán.
El problema que tienen es que el proveedor se retrasa mucho en facturarnos y en cada trimestre se repercute mucho IVA y se soporta poco con el consiguinte pago de IVA, esto ocurre hasta final de año cuando se regulariza el IVA que es cuando el proveedor nos factura casi todo con lo que soportamos mucho IVA y nos sale a devolver una cantidad muy grande.
Mi pregunta es: ¿Esta operatoria en el IVA puede dar lugar a algún problema con Hacienda? ¿Cuál sería la solución más justa para que ambas partes proveedor-cliente llegaran a un acuerdo en la facturación?
Un cordial saludo y gracias por tu atención.

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Creo que hay un error porque en adquisiciones intracomunitarias el proveedor alemán no repercute IVA. En la Comunidad Europea el IVA se paga en destino, y es el propio adquiriente el que soporta y repercute IVA en la adquisición, con lo cual nunca tendrá IVA para compensar. Luego además, repercutirá IVA al adquiriente de la mercancía, que ese sí lo tendrá que ingresar a la Hacienda Pública. No sé si pudiera haber alguna especialidad en la adquisición de la mercancía al proveedor alemán, pero en principio ésta es la forma general de actuar.

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