Contabilizar pago anterior a facturas

Es correcta la primera forma que tu indicas, se podría utilizar una cuenta intermedia de "anticipo a proveedores" pero no merece la pena. Sobre todo no utilices el segundo sistema que indicas ya que es incorrecto.

muchas gracias, seguire haciendolo asi
También tengo clientes que me piden facturas de pagos antiguos, incluso habiendo pasado a otro año
¿Utilizo el mismo sistema pero con la 43009? ¿O cómo lo contabilizo?

Con los clientes puedes hacer lo mismo, el único problema es que sean de ejercicios anteriores, ya que se debían haber facturado dentro del mismo ejercicio, de esta forma has trasladado beneficios de un año a otro, pero vamos, es algo en lo que hacienda no se suele fijar y tiene un riesgo mínimo, procura a partir de ahora cuando tengas cobros a cuenta no dejarlos pendientes a final de año.