347 y retenciones por garantía

Buenos días,
Tengo varios clientes a los que les hemos realizado retenciones por garantía en sus facturas del 2009.
Uno de ellos me comenta que al declarar la cantidad del 347 hay que restar el importe de las retenciones. Pero el otro no me ha dicho nada, incluso me han dado por bueno el importe que yo le dije, en el cual no las había descontado.
¿Hay qué descontarlo o no? Entre los dos me están haciendo un lio. Y en caso de descontarlo se descuenta el importe de las retenciones del total facturado. ¿No?
Muchísimas gracias. Un saludo