Embargo de Saldos de clientes por hacienda

Últimamente no estamos haciendo bien los pagos correspondientes a hacienda, es por ello que hacienda ha tirado de nuestros clientes y algunos de ellos han recibido la carta donde les indica que los créditos que tenemos a nuestro favor con ellos quedarán embargados, de echo unas facturas que tenían que pagarnos se la han pagado hacienda.
Pero nosotros seguimos trabajando con ese cliente y ahora nosotros tenemos una factura que pagarle a ellos, pero como nosotros no le podemos facturar por el embargo no podemos compensar sus facturas con las nuestras y el cliente me ha propuesto no hacerle factura (hacerle una nota y esa cantidad descontarla de su factura, ¿pero cómo llevo yo eso a la contabilidad, si no hay ningún dinero que salga de caja?, ¿Esa nota iría con IVA o sin IVa?.