En el caso de que el error supusiese un perjuicio para la Administración ( que usted hubiese ingresado de menos o hubiese solicitado mayor importe a devovler, habría que presentar una liquidación complementaria ( y al hacerlo del 303, habría que presentarlo también del 390, porque cambian los datos).
Pero este caso es distinto, pues el perjudicado no sería la Administración, si no usted ( ha ingresado de más). Por tanto, en su caso, lo que corresponde es presentar un escrito dirigido a la Agencia Tributaria, en el que solicite una rectificación de la autoliquidación. Tenga en cuenta además, que esa duplicidad en las facturas, no le afecte al modelo 347 (todavía está en plazo de presentarlo o si ya lo ha hecho, de presentar declaración sustitutiva).
Le recomiendo que se ponga en contacto con la Agencia Tributaria para que le indiquen el proceder en esta situación, y lo que debe incluir el escrito de rectificación.