Espero que las cifras sean solo un ejemplo...
Al grano. Si tu consideraste que tenías un IVA deducible que ahora no lo es pueden darse dos circunstancias: que sea que el iva no es deducible pero el gasto sí lo sea, y que sea que no sean deducibles ninguna de las dos cosas.
En el primer caso (iva no deducible, gasto relacionado sí): lo que tienes que hacer es considerar ese iva como más gasto (como si la factura fuera con iva incluido, sin desglose)
En el segundo caso (iva y gasto no deducibles) el tema es un poco más complejo. Lo que tocaría es revertir el gasto y pasar el importe como gasto fiscalmente no deducible, y regularizar además el Imp.de sociedades correspondiente si corresponde a un ejercicio cerrado, y si es del ejercicio en curso, directamente haces este ajuste, consideras el gasto iva incluido como no deducible fiscalmente y arreando.
Ahora, si la Agencia solamente entró en el IVA y del Imp.de Sociedades no dijo nada, tu aplica el primer caso.
Así lo veo yo. Ahora bien, te diré que no soy experto fiscal, solamente experto contable, así que es posible que te haya comentado una burrada. Lo digo porque ya ha habido algún compañero "experto" que ha criticado desde el punto de vista purista mis consejos. Y tiene razón, solamente soy contable, no asesor fiscal.