Respecto a la agencia tributaria, depende de quien sea el titular del negocio, una persona física o una jurídica. Cambia mucho.
Si es una persona física, que es un autónomo, es muy simple, y casi con una hoja de calculo se puede hacer. A pesar de ello, si el titular quiere llevarla con mas profundidad, puede llevar una contabilidad igual que una persona jurídica, aunque las declaraciones con la AEAT, tienen que ser en los formatos marcados por ella.
Si es una persona jurídica, tiene que llevar la contabilidad acorde al plan general de contabilidad.
Si no estas muy puestos con estos temas, lo mejor es que busques a una persona que te lo lleve.
Respecto al software. Contaplus es un programa de contabilidad (que no de gestión), valido para lo que quieres, aunque existen muchos, buenos y bastante mas baratos, como es el CONTASOLl, que si incluye un pequeño modulo de gestión.