Como anulo un Nº de factura duplicado a 2 empresas?

Hola tengo una duda, emití 2 facturas a 2 empresas socias con el mismo nº de factura. La factura era para una de ellas pero luego me hicieron cambiarla a la otra empresa, y resulta que ahora la han contabilizada y pagado las 2 empresas cuando sólo debería de haberla pagado una. Puedo hacerle una factura de abono a la que no le correspondía esta factura y devolverle el dinero y dejarle la factura a la que le correspondía y la tiene correcta?. Si no es así ¿cual sería la solución?. También había pensado hacerle una carta a la empresa que no le correspondía la factura diciéndole que esa factura no era correcta