A ver, lo correcto sería realizar la corrección con cargo a la cuenta de pyg del año anterior, pero eso te obliga a corregir el Impuesto de Sociedades, lo que acarrea sanción sí o sí.
El impacto que tiene este año lo puedes minorar corrigiendo esta valoración en varios años, aunque entiendo que si das pérdidas, mientras no entres en causa de disolución por minoración del capital social no hay problema, corrige este año y ya está, problema solucionado.
Seguramente las existencias estén sobrevaloradas precisamente por la misma razón que tú indicas, para que su saldo real no cause un perjuicio en el resultado negativo. Como no implica un perjuicio para Hacienda (ya que eso lo que hace es que tengas menos impuesto a tu favor, en realidad te cuesta dinero en impuestos) no creo que ningún inspector de hacienda te penalice por ello. Es más, en todo caso te dirá que peor para ti. Claro que así falseas las cuentas de la empresa, y en un hipotético fallido de la empresa eso te puede acarrear problemas, por la falsedad que implica.
En cualquier caso, no tomes decisiones por tu cuenta, porque por lo que dices la diferencia tiene importancia. Habla del tema con el Gerente o el Administrador de la Sociedad, que él sepa el problema y las posibles acciones para corregirlo, y que decida él qué se hace.
Ya me dices si te sirve de algo mi respuesta, y si así es.