¿Se puede subrogar y ampliar una hipoteca VPO y..?

Legalmente no hay ningún problema en que una entidad pueda subrogar una hipoteca de VPO, aunque no conozco ningún caso en que se haya realizado.
En tu caso creo que lo mejor sería que en la misma entidad que tienes la 1ª hipoteca, solicitaras una 2ª hipoteca "libre" (eso si es muy frecuente), ahorrándote los gastos de cambio de hipoteca a otra entidad.
Esto no tiene nada que ver con la fiscalidad, ya que para seguir deduciéndote la 1ª hipoteca, en cualquier caso, la vivienda de VPO tiene que seguir siendo "vivienda habitual".
En cuanto a la última pregunta, fiscalmente os podría interesar hacer una hipoteca sobre la casa nueva a nombre de tu pareja y él se la podría deducir como vivienda habitual, así tendríais cada uno una vivienda habitual, y cada uno se podría deducir fiscalmente por la suya. Aunque esto os lo debería contestar mejor un asesor fiscal.

¿Dónde está la respuesta?

Tal y como están los tipos de interés actualmente, te interesa mantener el préstamo de VPO, ya que seguro que es más barato que un préstamo libre actual. Además creo que sí que tendrías que devolver las ayudas que en su momento recibiste.
En principio las hipotecas de VPO si se pueden cambiar de entidad, aunque no conozco ningún caso en que se haya realizado. Lo que no se puede hacer es ampliarlos. Lo que se suele hacer es una 2ª hipoteca (libre) sobre la misma vivienda.
Si puedes pagar dos hipotecas lo mejor sería que en la misma entidad donde tienes el actual préstamo de VPO, pidas una 2ª hipoteca sobre la vivienda de VPO, supongo que el valor de tasación de la misma dará suficiente para que garantice la hipoteca nueva y el saldo que te quede de la de VPO. Es la forma más barata, ya que solo pagarías los gastos de formalización de la nueva, de cualquier otra forma, los gastos serían muchos más.
Esto es lo que más te interesa financieramente. F
Fiscalmente, creo que de esta forma te podrías deducir el préstamo como inversión en vivienda habitual.
Para hipotecar la vivienda nueva, aunque el préstamo esté solo a nombre tuyo, tu pareja tendría que intervenir en el mismo como hipotecante no deudor (es decir autorizando la hipoteca sobre su 50% de vivienda), y por lo que dices no está por la labor.

Muchísimas gracias por su respuesta. Sólo una pequeña aclaración: entonces, ¿no tendría ninguna ventaja, ni fiscal ni financiaera, el pedir la hipoteca sobre la casa nueva incluso contando con el visto bueno de mi pareja?
Gracias otra vez.