Venta de Piso

He vendido un apartamento el cual estaba hipotecado. El crédito ascendía a 144000 Euros. Como cuando compré el apartamento con la tasación no era suficiente, un familiar hipotecó un piso vacío que tiene (como hipotecante no deudor) para cubrir el total del préstamo.
En el Préstamo Hipotecario aparece un total de 144000 Euros pero dos viviendas hipotecadas, la que yo compro y la del Hipotecante no deudor. Cuando voy a vender, mi Banco me da un Certificado de Deuda de Préstamo Hipotecario por una cantidad que yo le doy al comprador para que a su vez se lo entregue a su banco para proceder a la cancelación. El Banco del Comprador dice que esa cantidad no es la correcta ya que va a cancelar el importe de la vivienda que vendo (el apartamento). Mi Banco le da un nuevo Certificado de Deuda de Préstamo Hipotecario con lo que se debe del apartamento (según porcentaje establecido en la escritura del Préstamo Hipotecario).
¿Es posible cancelar solo el Apartamento que vendo o estoy en la obligación de cancelar también el piso del hipotecante no deudor?. En el caso de que no sea obligatorio cancelar el piso del hipotecante no deudor, ¿el comprador puede registrar su nueva propiedad a su nombre?.
A la espera de sus noticias y agradeciendo su colaboración, reciban un cordial saludo.