Trabajo para una empresa extranjera exenta de IVA

Trabajo como consultora desde mi domicilio en España, para una empresa afincada y registrada en Malta, he ido a informarme a Hacienda sobre como sería el tema de autónomos, y en un primer momento me dijeron que debería de pagar autónomos todos los meses, y que el IVA quedaría a 0, ya que es un trabajo para una empresa que está en un paraíso fiscal, pero que pertenece a la Comunidad Económica Europea; por lo que como ellos no me pagan IVA yo no debería de pagarlo.
Me llamaron por teléfono para que volviese a la oficina de Hacienda, y entonces me dijeron que se habían confundido, y que tendría que pagar autónomos, más el 20% de todas mis ganancias, cosa que le dije a la señora funcionaria que me atendió, que como es que antes no debía de pagarlo y ahora sí, y no me supo explicar; sólo me "habló" en un tono demasiado alto y me dijo que era eso y punto (...).
En mi empresa me dicen, que no debería de pagar IVA, ya que ellos no tienen que pagármelo; pero que en el caso de que me obligasen aquí en España quizás se podría recuperar allí en Malta, ya que allí no se paga y como trabajo para ellos quedaría a 0, tal como me dijo en un primer momento la funcionaria de Hacienda.
No tengo ni idea sobre este tema, y estoy bastante confundida; me baso en lo que me dicen en uno y otro sitio.

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El 20% se trata de pagos fraccionados que se hacen trimestralmente pero que luego te lo deduces en el IRPF
En cuanto al IVA supongo que la empresa de malta te paga tus servicios mediante factura que tu le expides ¿no? En caso de ser así no tendrás que pagar nada de IVA pero debes presentar los impuestos con cuantía 0.
Si no tienes ni idea, te aconsejo que los papeles te los lleve un profesional por que te veras metido en una espiral de sanciones e intereses de demora.
Hazte una idea, cada 3 meses tienes que presentar las siguientes declaraciones:
303,390,347,349,110,190,131.
Por lo tanto entiendo que si mi empresa me expide factura por mi trabajo, ¿no debo de pagar IVA? ¿Sólo presentar mis facturas y pagar autónomos?, pero igualmente tengo que hacer esas declaraciones que me has indicado con un asesor, ¿verdad?. Perdona por insistir. Muchas gracias.
No no, no ma has entendido, tu empresa no debería expedirte factura a ti sino que tu bederias expedirle factura a tu empresa, y esa factura no lleva IVA
Ah, ok; entendido entonces. Muchas gracias por la información, haré lo que me has dicho. Pues ahora a buscar un buen asesor que me lleve los papeles :). Muchísimas gracias.

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