Pues es que la pregunta que planteas depende mucho de qué tipo de facturas estás admitiendo que son dudosas y por qué están mal las declaraciones del IVA.
Yo creo que debes acudir a la cita e ir aportando exclusivamente lo que te vaya pidiendo. Si realmente es mucha documentación se puede ir pidiendo de forma parcial, no es necesario que lleves todas las facturas la primera cita pero claro eso si son muchas, si son 20 facturas no vas a tener excusa para ello.
Lo de la multa pues depende, mi filosofía es que si has metido gastos que sabes que no son deducibles lo mejor es defender la deducibilidad del gasto y que dispones de justificante de ello, al final de la inspección puedes llegar a admitir que pueden ser disctubibles pero sin sanción claro. Es un tema complejo lo de las comprobaciones de IVA por que obviamente hay inspectores e inspectores pero sí estás hablando de dinero (la sanción puede ir desde el 50% hasta el 150% aunque se reducen sustancialmente si finalmente las aceptas y las pagas) yo buscaría un asesor que valorando el riesgo te cobre una cantidad adecuada por tratar de salvarte lo máximo posible. Piensa que muchos inspectores si del otro lado no ven a un profesional se crecen y piensan que pueden hacer lo que quieran por que del otro lado no hay nadie que sepa más que él/ella. Sin embargo si del otro lado hay un asesor que empieza a discutir sobre la norma al final se genera una situación de discusión que en muchos casos y dependiendo del inspector obviamente (los hay que aunque se lo diga un compañero que sepa más que él ni por esas se bajan de la burra) puedes acabar por salvarte la sanción, o algunos gastos que no discute.
En fin que si estás pensando en dinero, buscate un asesor fiscal competente que no te cobre 200 euros por que entonces poco va a hacer, y tratar de pelear lo máximo sobretodo el tema de sanciones (para los inspectores todo lo que sea detectar algo mal que implica pagar lleva sanción, sea o no discutible, hay una justificación o no la haya).