Si, no tenéis ningún problema en ir a u notario en madrid. Lo mejor es ir unos días a la notaria, llevarle una nota simple de cada piso y explicarle el cao. Así la notaria preparara la escritura sin problemas. La notaria tiene la obligación de pedir una nota simple en el momento de firmar para ver que no hay nada raro en los pisos (embargos, hipotecas...).
Yo, lo que te recomiendo es que uno o dos días antes de firmar pidas en la notaria una copia (tipo borrador) de como va a ser la escritura. Échele un vistazo y si tienes dudas pregunta en la notaria. Ten en cuenta que muchos notarios no leen la escritura completa y luego hay sorpresas.
Como te decía no tenéis ningún problema en firmar en madrid.