Separación de unión de hecho

En primer lugar, supongo que al hablar de pensión de alimentos te refieres a la pensión de alimentos para la hija, y respecto de ésta la madre o el progenitor guardador no puede renunciar, debe establecerse una pensión de alimentos que deberá pagar el progenitor que no tenga la custodia, otra cuestión es la cuantía de esa pensión, para la cual se tienen en cuenta los ingresos del obligado al pago.
Exceptuando lo anterior, ellos pueden pactar lo que estimen más beneficioso para su hija y que puedan afrontar económicamente, hay que ser realistas, hacer números y ver qué situación puede afrontarse. Por lo que me dices, tu amigo tiene complicado afrontar él solo el pago de la hipoteca, por lo que quizás sería bueno para todos que, de momento paguen la hipoteca a medias y se comprometan a más adelante, liquidar el piso, bien por venta a un tercero o bien que uno de los dos se lo quede pagando al otro una cantidad (habrá que tener en cuenta lo que queda pendiente de hipoteca).
El banco no es problema mientras se sigan pagando las cuotas dela hipoteca, para la entidad bancaria, ambos son deudores al margen de los pactos que, entre ellos, se firmen, de modo que si uno se obliga con el otro a pagar todas las cuotas y no paga, el banco irá contra los dos, pero el otro podrá pedirle al que no ha pagado la responsabilidad que le toque y reclamarle las cantidades que no pagó como debía.
El primer paso a seguir es saber qué cantidad puede pagar al mes, con y sin hipoteca, y una vez tenga clara su situación, negociar con la otra parte, acudir a un abogado que les redactará un convenio y les asesorará sobre las decisiones que adopten y homologar judicialmente el convenio, en el que se establecerá la guarda de la niña, el uso del domicilio familiar, régimen de visitas para el no guardador, pensión de alimentos.
Lo más importante es que lleguen a un acuerdo que favorezca a todos, lo demás es mero trámite que debe realizarse con abogado y procurador.