Nóminas prorrateadas

Hola!
En el trabajo teníamos 3 pagas extra al año. En el mes de enero nos comentaron que a partir de ese mes tendríamos las pagas extras prorrateadas. No obstante, nos dieron la opción de mantener el sistema anterior de 12 pagas + 3 extra. Yo me acogí al sistema anterior, pero la nómina de enero ya me había venido prorrateada. Tras comentarlo con el Director Financiero, acordamos que la nómina de febrero me vendría sin la prorrata pactada y me descontarían la cantidad que me habían prorrateado en enero.
En el banco recibo la nómina de febrero según lo acordado (la nómina sin prorratear y el descuento de la prorrata que me habían añadido en enero), pero cuando voy a firmar en la empresa la nómina de febrero, me doy cuenta de que en la nómina me sigue constando la prorrata.
Es decir, que en el banco me ingresarán las 12 nóminas y las 3 pagas extra, pero en la nómina que firmo en la empresa me vienen 12 pagas prorrateadas.
Me gustaría saber si esto es "legal" y en qué me puede beneficiar/perjudicar que lo que consta en la nómina no coincida con lo que me ingresan en mi cuenta.
Muchas gracias!