¿Debería trasladarme mi empresa?

De momento es buena solución la baja médica para evitar que se complique el embarazo. Si tu médico de cabecera estima que existe riesgo para el embarazo el desplazamiento hasta tu puesto de trabajo podrías optar por solicitar el riesgo durante el embarazo a la mutua de tu empresa, tendrías que entregar una solicitud aportando unos certificados de la empresa y si te lo concedieran tendrías derecho a una prestación hasta el momento del nacimiento consistente en el 100% de tu base reguladora.
La baja médica no te descuenta nada de la prestación por maternidad. Pero si no tienes mejoras salariales por convenio colectivo, la prestación durante la baja médica es inferior al salario mensual (pero esto no afectará a los 112 días de prestación por maternidad), por lo que siempre te interesaría el riesgo durante el embarazo.
Respecto a la obligación de la empresa a trasladarte a tu localidad depende de las condiciones de la empresa, puede ser motivo durante el embarazo o durante la lactancia si se establece que el riesgo es el desplazamiento, pero no para desempeñar el trabajo habitual, por lo que si en el futuro solicitas una reducción de jornada por guarda legal tendrías derecho a elegir el horario de trabajo pero no al cambio de centro de trabajo, de forma general, ya que habría que estudiar lo que establezca tu convenio colectivo o acuerdos personales con la empresa.