Los salarios de tramitación son salarios pagados a trabajadores por cuenta ajena que teniendo contrato con la empresa, este se extinguió, el trabajador lo impugnó y el Juez lo declara improcedente con readmisión o nulo.
Entonces es en ese caso cuando caben los salarios de tramitación (salarios devengados por trabajador por cuenta ajena entre la fecha de despido y la fecha de la sentencia del Juzgado)
Pero ese no es tu caso, tu no eres trabajador por cuenta ajena, has estado de autónomo con ellos los 3 años y ahora llegas a un acuerdo que evita el juicio, para volver como autónomo.
No hay salarios de tramitación que pagar porque ni fuiste ni serás ahora trabajador por cuenta ajena sino autónomo, que es lo que vas a acordar con la empresa para evitar el juicio.
Ahora, si el juicio se celebrara seguramente el Juez te declarará como falso autónomo, cotizando a la seguridad social los 3 años a efectos lógicamente de desempleo y con la indemnización de despido improcedente por esos 3 años. Pero claro, no volverás a la empresa seguramente.
La empresa te propone seguir como autónomo y pagarte "algo" por acuerdo pero ni serán salarios de tramitación ni indemnización de despido improcedente porque como ya te he comentado eso está reservado para trabajadores por cuenta ajena, no para autónomos.
Por tanto cesas con ellos siendo autónomo (que no te hecha puesto que no tiene contrato laboral contigo sino mercantil) y la empresa lo que quiere es evitar el juicio que va a perder y te propone volver pagándote alguna cuantía dineraria por acuerdo. Pero con eso no te garantizas mucho tiempo en la empresa, puesto que podría romper el contrato mercantil que tiene contigo, pierdes porque las cotizaciones te las sigues pagando tu, no tienes paro ni tendrás indemnización cuando finalice tu vinculación con la empresa.
Espero haberte aclarado ahora la cuestión. Con el acuerdo ganas seguir (no sabes cuanto tiempo) y con una cuantía que la empresa te va a pagar (que no son ni salarios de tramitación ni indemnización de despido improcedente) pero pierdes que si se hubiera celebrado juicio habrías conseguido tener cotizados como trabajador por cuenta ajena esos 3 años, derecho a paro e indemnización de despido improcedente porque el Juez te hubiera reconocido como falso autónomo y por tanto despido improcedente de trabajador por cuenta ajena.