¿Si entiendo bien tu empresa sustituye con una trabajadora por cuenta ajena a una autónoma? No puede ser, no he conocido nunca que una autónoma de baja por maternidad la sustituya una empresa. La autónoma como su propio nombre indica no depende de nadie y la empresa no la puede sustituir porque la autónoma nunca a pertenecido a la empresa.
Por tanto no puede darse ese caso.
Supongo que deben ser trabajadoras por cuenta ajena. Así si:
Suponiendo que tu empresa celebrara un contrato de internidad para sustituir a una trabajadora en maternidad, ambas trabajan por cuenta ajena en la empresa, las BC si deben ser similares si realizan identica actividad y el puesto es por tanto el mismo, no obstante puede haber variaciones porque la interina quizá no cabría plus de antigüedad por ejemplo.
No obstante además en estos casos la empresa se beneficia de reducciones de cotización del 100% pero el trabajador sigue pagando su cuota de cotización tal cual.
Si en la nómina de la empleada ponía 183 euros de cotización a la SS ahora no tiene por que cambiar. Como te comento la cuota que paga el trabajador es la misma si es el mismo puesto.
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