Agrupación y compraventa

En noviembre realizamos la compra de nuestro piso aunque quedaba pendiente acabar una habitación de la casa que el arquitecto se comprometió a acabar después de tener en mano la licencia de primera ocupación porqué por lo visto no estaba en el proyecto realizar esta obra. En un principio se trataba de dos notas registrales, una correspondiente a un local y la otra a una vivienda pero antes de comprometernos en la compra nos asesoramos con una abogada y acordó con el arquitecto tal y como consta en el contrato de compraventa que "la Vendedora se obliga a ceder y transmitir un piso que resultará de la agrupación previa de las dos entidades descritas en el expositivo.."
El día de la compraventa se hicieron la agrupación y la compraventa, mi banco ha tramitado la gestión de la compraventa y después de un mes, con la obra de dicha habitación aún a medias, el arquitecto nos reclama que nosotros hemos de hacernos cargo del pago de la agrupación porqué lo solicitamos nosotros. Hay que añadir a todo esto que el contrato de compraventa, que es donde consta que él debe encargarse de esta escritura, ¿se acordó por la cantidad real de compra que son 30.000? Más de lo que finalmente escrituramos, o sea, que si yo lo denuncio y presento este documento (que por suerte aún no se ha destruido) me perjudico porqué se verá que he mentido en el precio. En fin, ¿cómo podría salir de este lío? ¿Qué debo hacer? Hoy tengo reunión con el arquitecto y me ha dicho que lleve el documento, ¿qué hago si se niega a acabar la obra? Gracias