Respondiendo a tus preguntas:
¿Cómo podría hacerse una donación de ellas a mis dos hijos?
Necesariamente las donaciones se deben formalizar en Escritura Pública autorizada por notario. No es necesaria la aceptación del donatario (la persona a la que se dona) pero sí debe acudir el donante para así manifestarlo ante notario. Lo que ocurre es que donarías tu cuota de copropiedad (el 50% de la vivienda) salvo que tu ex-marido estuviera de acuerdo en donar también su parte.
¿Qué porcentaje por impuesto se aplicaría a su valor y si según este seria mas conveniente la vía herencia o compraventa?
Según dispone la Ley 9/2008, de 4 de diciembre, de Medidas en materia de tributos cedidos de la Comunidad de Castilla La Mancha, en tu comunidad el impuesto de donaciones tiene una bonificación muy importante (un 95%) por lo que sólo pagarías el 5% de la cantidad que resultaría a liquidar (no del valor de lo donado). Los requisitos para tener esta bonificación son: ser descendiente (así es, porque son tus hijos) tener residencia habitual en la Comunidad, formalizar la donación en escritura pública, y que el inmueble donado no podrá transmitirse en un plazo de 5 años.
Esa bonificación hace prácticamente indiferente en tu Comunidad acudir a compraventa o a donación, salvo mejor criterio teniendo en cuenta las últimas subidas del IRPF. También es indiferente la donación o sucesión, ya que el impuesto es el mismo.
En el siguiente enlace podrás encontrar el modelo 651 del impuesto. Al rellenarlo te dará la estimación de la cuota tributaria a pagar.
http://pagina.jccm.es/tributos/autoliquidacion.html
Un cordial saludo.
Si la respuesta le satisface, ruego la cierre y valore lo antes posible.