Autónomos

Debías explicar un poco más el caso. Así no te puedo ayudar.

Entonces lo correcto sería que el autónomo cobrara mediante facturas por la prestación de sus servicios como profesional, ¿es así?

Lo siento, me explico mejor:
Puede una s.l. tener a una persona dada de alta en el régimen de autónomos para que lleve la oficina y pagarle sus servicios con una nomina, ¿cómo a cualquier empleado o el autónomo debería hacer una factura para cobrar sus servicios?

Depende, si es hijo/a de un socio que este dado de alta en autónomos por que presta sus servicios a la sociedad, si, o por que un socio que presta sus servicios para la sociedad también puedes hacer una nomina de autónomo.
Si no tiene nada que ver con la sociedad, es decir una persona que se da de alta en hacienda y luego en autónomos, que es lo que se denomina falso autónomo, entonces te tengo que decir que no te lo aconsejo, ya que existen numerosas sentencias en que en caso de controversia (por ejemplo se le hecha) se han considerado como trabajadores por cuenta ajena, debiendo pagar la empresa la seguridad social con carácter retroactivo. Y sobre la base que se declaro en las facturas por sus servicios