Vamos a ver, la aplicación de la retención en la nómina, se basa en la información que el trabajador da a la empresa a través del Mod., 145, que debe siempre tenerlo actualizado, ya que se realiza un cálculo, con esos datos, como el de una renta, no es como hace muchísimos años, que el gobierno establecía unas tablas de retención según se fuera, soltero o con hijos, con lo que cuando nos aplican una retención es de suponer que eso será el pago de nuestra renta, si no tenemos otros aspectos privados que no afectan a la relación laboral (pensiones, bienes muebles e inmuebles, etc...).
En tu caso, si siempre has tenido el mismo contrato, salario y incapacidad, y rellenaste correctamente el Mod. 145, tu retención debería ser "0", ya que superas en muy poco el mínimo legal para retener (11.162,-€ solteros) y tu cobras 13.720,-€ año, siempre suponiendo que los 980,-€ sean brutos (sin descontar la S.S., y, si hay, el IRPF). Siendo así, nada más con los descuentos de S.S. anual, mínimo y máximo personal, ya estas por debajo de los 11.162,-€, retención "0" y ésto sin aplicar la incapacidad.
Los años anteriores si todo era igual, debería haber existido un fallo, que no te perjudicaba, al contrario, ya que al tener una pensión del INSS., tu obligación es de presentar renta, ya que tienes dos pagadores, la empresa y el INSS., y estoy, casi, seguro que de la pensión de incapacidad no te retienen nada, con lo que cuando la sumamos a los rendimientos del trabajo se dispara - de 13.720,-€ más la suma de la pensión-, entonces seguro que nos toca pagar o nos quedamos a la par cuando había retención de la empresa.
Ten en cuenta que si cuando realizas la declaración te sale a pagar, siempre puedes, a través de un escrito, solicitar a la empresa que te aplique la retención que quieras, con el fin de ir pagando poco a poco.