Mi intención es hacerme autónomo aunque estoy pensando en no registrar mi nombre verdadero.

Se pueden registrar tomando en consideración diferentes opciones - como posible nombre de mercantil futura haciendo una reserva del nombre en el registro correspondiente (Registro Mercantil Central) así como el registro de nombres comerciales y marcas que se realizan en la Oficina de Patentes y Marcas dependiente del ministerio de Industria Turismo y Comercio.
No obstante, sepa que tendrá que utilizar su nombre junto al de la marca comercial.
Nuestra empresa realiza todos los trámites ante esas instituciones.

Gracias por responder, te lo pregunto de otra manera, ¿puedo registrar un nombre comercial sin ser nada (me refiero a empresa, autónomo. Etc)? Es que en la otra pregunta te había dicho marca y más bien seria nombre comercial, que a la hora de hacer facturas, propaganda, etc pudiera aparecer en ellas, por que al hacerse autónomo ¿has de poner tu nombre o nombre de la "empresa"? Como ves no tengo ni idea de como funciona esto de autónomo, lo que si me gustaría usar un nombre comercial para mi actividad, y no tener problemas por usarlo (por si ya esta registrado).
Saludos