Régimen de cotización y alquiler

Buenas tardes:
Mi marido figurará como administrador único en una S.L.U. Que voy a crear, en que régimen debe cotizar: Autónomo o Régimen General. Ahora en su trabajo es autónomo, cuando empiece en la nueva sociedad podemos pasarle al Régimen General .
También su lugar de trabajo va a ser nuestro hogar habitual, una habitación la vamos a acondicionar para el trabajo. La empresa puede pagar un alquiler a los propietarios que somos los dos ( separación de bienes) o individualmente a mi solamente, en que cuantía se puede pagar por el alquiler de una habitación.
Nos podemos deducir gastos por utilizar la casa como lugar de trabajo
Un saludo