Cuando se produce un despido o finaliza el contrato de trabajo, estando en situación de incapacidad temporal, el o la trabajadora en situación de IT continua cobrando la prestación por IT pero variando la cuantía de la prestación que pasa a ser la correspondiente a la de la prestación por desempleo y la prestación la paga la mutua o el INSS dependiendo de con quien tenga contratada la empresa las contingencias por IT.. Cuando se produce el alta medica el trabajador o la trabajadora dispone de 15 días hábiles para solicitar la prestación por desempleo si es que reúne el periodo de carencia de 360 días, pero si le corresponde la prestación y la solicita inmediatamente después de el alta medica de los días que correspondan de desempleo, el SEPE descontara de dicha prestación, todos los días que el, o la solicitante de la prestación, hubiera estado en situación de IT, desde el día siguiente al de la baja medica hasta el día siguiente al de la extinción del contrato de trabajo, pero si inmediata, mente después del alta medica, en vez de solicitar la prestación, se comienza a trabajar con un contrato de trabajo cuyo tiempo de duración no esta especificado, cuando se finalice el contrato de trabajo, al solicitar la prestación por desempleo no se produciría, ningún descuento del periodo de cotización acumulado, por los días de IP como puedes ver en el enlace de Comisiones Obreras que te dejo mas abajo en el apartado 4 del capitulo 19 .. En cuanto a la cuantía de la prestación por desempleo, durante el tiempo que te quede por consumir de la prestación, cobraras el 70% de la base reguladora los primeros 6 meses y el 50% los meses restantes, a partir del inicio del séptimo mes la base reguladora se calculara con las cotizaciones efectuadas en los 180 días anteriores a la extinción del contrato de trabajo, sumando las cotizaciones por contingencias profesionales de los seis meses anteriores a la del despido menos las horas extraordinarias y dividendolas, por 180.. Espero que la respuesta te sirva de ayuda.. Un saludo..
http://www.melilla.ccoo.es/comunes/recursos/19/doc25776_Guia_sobre_incapacidades_temporales.pdf