Retenciones del 190

Ojalá puedas echarme una mano porque estoy muy agobiada, ¿hace unos días recibí una carta de hacienda diciendo que estaba en marcha una liquidación provisional de unos 4.000? Contra mi empresa por haberme practicado una retención de un 15% durante el año 2005 en lugar de un 35% que se supone tenía que haber retenido de mi nómina por ser administradora de la empresa. Soy la fundadora de la empresa junto con mi hermana, aunque yo soy la administradora y estoy dada de alta como autónoma, la empresa solo tiene dos años y sin saberlo he estado practicando sobre mi nomina menos retención de la debida por ser administradora, ahora no entiendo porque hacienda quiere que le pague el dinero que dejo de ingresar como retención cuando ese dinero que no retuve me lo pague en la nomina y ya hice la correspondiente declaración de renta que me salio a pagar claro. Mi pregunta es que si me retuve menos de lo establecido, no debería pagar una multa y ya está, ya que yo pagué por esos ingresos de nominas en mi declaración de renta hace dos años. Han abierto un plazo de alegaciones a la empresa pero no tengo ni idea de que decir,(haber si se os ocurre algo), en la empresa somos dos socias mi hermana y yo, pero solo yo estoy dada de alta en automos y soy administradora de la empresa, ¿con una nomina bruta de 2000? De la cual retengo un 15% que pago en el impuesto trimestal 110. Por ultimo quisiera regularizar esta situación ya que tener que retenerme el 35% de la nomina me parece excesivo, mi hermana socia de la empresa al 50% no obstenta ningún cargo actualmente en ella sino que trabaja para una empresa privada en régimen general ¿podría ella darse de alta de alta de autónomo y ser administradora a la vez que sigue trabajando para su empresa y así yo pasar a estar contratada en régimen general en mi empresa y percibir la nomina antes comentada con una retención del 15%? ¿Es preferible con ese sueldo de media (¿¿¿2.000?/mes) y un beneficio de empresa al final del año de unos 3.000? ¿Dejar todo como beneficio de empresa(3.000?/año+12 mesesx2.000?/mes) o seguir intentando cobrar eso 2.000? ¿Cómo nomina?