Retribucion administrador s.l.

En mi opinión, la forma de cobrar de tu trabajo es únicamente como rendimientos del trabajo, es decir, como una nómina que la empresa te paga. En tu estado de administrador solidario de varias SL ya estarás en el régimen especial de autónomos, de forma que no te hace falta facturar tú a cada empresa de la que quieres cobrar. Ojo, también podrías darte de alta como empresario individual para facturar tú a cada empresa, pero en mi opinión no lo veo necesario.
Descarta la primera opción que planteabas, la de estar en nómina en régimen general, puesto que no es compatible con tu estado de administrador. El mero hecho de ser administrador ya te implica estar en el régimen de autónomos, no en el general.
Las "nóminas" que te pagaría cada empresa por tu trabajo no tienen que ser regulares, es decir, puedes cobrar en enero 1000 euros de la empresa A, no volver a cobrar de A hasta octubre, o cobrar de todas las empresas todos los meses, o sólo una vez cada trimestre, por poner un ejemplo.
No obstante, sí convendría que tú, o tú y tus socios, junto a vuestro Asesor, dispongáis cuánto dinero quieres cobrar en total, para ir programando de qué empresa o de qué empresas cobrar y cuánto de cada una de ellas, dependiendo de las necesidades fiscales de cada una. Ejemplo: si la empresa A va a tener mucho beneficio pasando al tipo impositivo del 30% y las empresas B y C pérdidas, pues lo puedes cobrar todo de la A para intentar que pase a tener un tipo del 25%.
Además, ten en cuenta que, dependiendo del tipo impositivo que tengas tú en tu Declaración de IRPF, te interesará cobrar más o menos dividendos de tus empresas. En el IRPF el rendimiento del trabajo va desde el 0% hasta el 43%, mientras que los dividendos tributan para este año 2009 al 18% (en 2010 pasan al 19 o 21%, de forma resumida), de forma que si cobras 100.000 euros y tributas al 43% consecuentemente, te interesará reducir tu "nómina" y cobrar esa diferencia en dividendos para bajar tu tipo impositivo. No olvidemos que los primeros 1500 euros anuales de dividendos son exentos en el IRPF.
Espero haberte ayudado. Si tienes alguna duda me consultas de nuevo.

El administrador debe cotizar en el régimen especial de trabajadores autónomos.
Puede tener nómina en todas las empresas o no, según convenga.
Por otro lado, la nómina tendrá retención por IRPF.
No obstante, no es lo mismo la retención de 1 sola nómina a la de 4 nóminas, por lo que te aconsejo de que antes de decidirte cómo tributarás te hagan un estudio de tu renta