Cuando emitir facturas

Lo que has percibido es un ANTICIPO, bien sea parte del presupuesto o la totalidad, ya que al no estar realizado el servicio o entregada la obra es considerado como ANTICIPO. Deberás emitir factura por esa cantidad entregada (sea parcial o total), eso sí, al considerarse UN ANTICIPO a la hora de liquidar el Impuesto solo pagaras por el I.V.A. percibido en ese anticipo pero a efectos de I.R.P.F. no se tendrá en cuenta. En el cuerpo de la factura deberás hacer figurar que es un pago anticipado. A la entrega de la obra o finalización del servicio emitirás otra factura (definitiva) donde descontaras el importe anticipado, si ha sido el 100 % lógicamente quedará a cero, es en este momento cuando se tendría en cuenta la base imponible A EFECTOS DE RENTA pues como te decía anteriormente tu has tenido que pagar el I.V.A. por haber expedido factura ANTICIPO!
Pero no considero muy lógico y raro es el caso donde te abonen por anticipado el 100 % del servicio que aun no has prestado.
Lógicamente la factura se expide dependiendo que el destinatario de ella no sea empresario en el momento de finalizar el servicio, caso de ser empresario en los 30 días siguientes a la realización del servicio.