Regimen estimacion directa

Buenas tardes:
Soy un profesional autónomo en régimen de estimación directa llevo yo mismo la contabilidad, tengo un programa de contabilidad y de gestión ya que me dedico a vender recambios, por otro lado llevo también un programa de estimación, ya que los otros programas no me calculaban el mod 130, en este último programa de estimación si que lo calcula así como el 184. Me surge la siguiente duda, en el programa de contabilidad debo de valorar la existencias que tengo en almacén a final de año, asiento contable de existencias a variación de existencias, ¿en el programa de estimación también debo de hacerlo?
¿En contabilidad sería de 300 existencias a 601 variación de existencias no?.
Gracias por su ayuda