Modelo 347

No tengo demasiada experiencia en impuestos y me gustaría que me hiciesen una aclaración sobre el modelo 347.
Nuestra empresa es una empresa de instalaciones con lo que realizamos certificaciones de obra a nuestros clientes. Según la norma de Iva, al ser obras en cada trimestre sólo estoy declarando las facturas que han vencido en el trimestre en curso o las que su respectiva obra ha terminado en el trimestre. Lo mismo hago con las subcontratas. El caso es que no sé si en el 347 debo declarar la totalidad de las facturas de 2009 o si debo declarar solamente las que he declarado el iva en sus trimestres correspondientes.
¿Por ejemplo a un cliente le he facturado en total 100.000? Pero he declarado, en 2009, ¿facturas por un importe de 50.000? Por que la obra no ha finalizado y el resto de las facturas (¿los otros 50.000?) Vencen en febrero de 2010 con lo que lo declararía en el primer trimestre de 2010. ¿Declararía en el 347 los 100.000? O los 50.000?
Otra consulta, ¿el mínimo es 3.000 o 6.000?
Gracias.