A ver, voy por pasos:
1 y 2. Tienes un plazo de doce meses para habitar la vivienda cuando la adquieres para que se considere como vivienda habitual desde su adquisición. Si no la habitas en ese plazo, imaginate en el mes trece, será tu vivienda habitual desde ese momento, pero la inversión efectuada con anterioridad no se tendrá en cuenta para el cálculo de la deducción (p.e. Para el cálculo de cuándo podrás empezar a deducir teniendo en cuenta las deducciones ya efectuadas por la anterior vivienda). Habitarla no significa empadronarse, sino vivir en ella de forma permanente. Para demostrarlo, si es cierto, es muy sencillo, y el padrón es una prueba más (cambio de domicilio fiscal obligatorio, cambio de domicilio en DNI, en tarjeta santaria, en carnet de conducir, también obligatorio, médicos, colegios, etc). Insisto, el empadronamiento es una prueba pero no por ello constituye tu vivienda habitual.
3. El plazo de dos años es un resumen rápido. La vivienda anterior no perderá su condición de vivienda habitual si la vendes en el plazo de dos años desde que dejes de vivir en ella. Hasta 2006 ese plazo no existía, y tenías que vivir en la vivienda antigua hasta el momento de su transmisión. Es decir, que si te vas a vivir a la nueva y tardas más de dos años en vender la antigua, no venderás la vivienda habitual. Al mismo tiempo, aunque continúes viviendo en la antigua, tienes dos años para materializar la reinversión en una nueva (destinar el dinero de la venta en la nueva).
Resumiendo: si sigues viviendo en la vivienda antigua, tienes de plazo para vender hasta diciembre de 2013, para reinvertir dentro del plazo de dos años, y si ya cambiaste para la nueva, dos años desde que el cambio de domicilio se haya efectuado, pero nunca más lejos de la primera condición, es decir, diciembre de 2013.
Como plazo máximo, acuérdate, para habitar la nueva, diciembre de 2012, y para vender la antigua, diciembre de 2013.
Un consejo final. Ten cuidado con las deducciones a practicar. No puedes deducir por la nueva hasta que no superes las deducciones ya practicadas por las anteriores viviendas, y si optas por la exención por reinversión, por la ganancia que declares exenta. Por tanto, para empezar a deducir por la nueva deberás conocer cual es el importe de esa exención. Sé prudente. Es mejor no deducir por ninguna y, una vez transmitida y con todos los datos, solicitar la rectificación de las declaraciones presentadas para que te incluyan las deducciones a las que tenías derecho. Si deduces puede interpretarse que optas por tributar por la exención y practicar deducción por esos importes.
Espero habértelo aclarado. El tema es un poco farragoso.