Pues del tema de abrir cuentas corrientes y demás en Alemania supongo que de la mano de tu entidad financiera te indicará el proceso pero vamos que no hay problema en abrir una cuenta allí por parte de un residente fiscal en España.
Respecto del tema de tener que darte de alta allí pues claro pagarás impuestos allí y luego te podrás deducir aquí parte o todo de esos impuestos de forma que al final de todo puedes pagar lo mismo que aquí pero todo allí o parte allí y parte aquí (depende de la opción que finalmente se eligiera:sucursal o filial).
El tema de facturar salvo que montes una filial (es decir una sociedad en alemania) la verdad es que puedes tener que facturar con NIF español o NIF alemán si tu empresa tiene que darse de alta allí, y que sean empresas españolas que trabajan allí pues pasará lo mismo que igual te dan los datos para la factura y es o bien una filial alemana o bien la empresa española pero con NIF alemán. En todo caso a la hora de decidir qué hacer lo normal es que primero tengas una impresión de un asesor alemán que te indique si el servicio que vas a prestar en Alemania con personal desplazado desde España y contratado por la empresa española puede ser un Establecimiento Permanente (Permanent Establishment) en Alemania y por ello que tengas que darte de alta en la Hacienda alemana y pagar impuesto allí por el beneficio que tengas por estos servicios prestados allí.
Si salvas esta cuestión y puedes facturar desde España y tributar aquí, el personal que contrates será otra cuestión, podrá tributar allí o aquí y en algunos casos en ambos países. Si por ejemplo contratas a una persona para trabajar todo el año allí en estos servicios en Alemania van a entender que esta persona es residente en Alemania y por tanto que has de practicar retenciones en Alemania y por tanto darte de alta en el fisco alemán aunque solo sea para ingresar las retenciones de esta persona.
La verdad es que lo de contratar a alguien en Alemania para que te asesore dependerá del trabajo que vayas a realizar (temporal o recurrente) de la cuantía de los servicios y por tanto del riesgo que asumas y si te merece la pena contratar a un buen asesor fiscal allí y otro aquí para que te haga un análisis global ya que el alemán solo te dirá las cuestiones que afectan a Alemania.
En mi caso conozco algunos despachos de abogados y asesores fiscales en Europa y tengo conocimientos para analizar su incidencia en España pero ya te adelanto que los costes son altos (sobretodo en los despachos de fuera que cada vez que ven a un no residente que viene a hacer negocio a su país zurran de verdad).
Si consideras que igual no te compensa por temas de márgenes de negocio (puedes ir justo) yo intentaría aprovecharme del asesoramiento que puedan tener sus clientes españoles (supongo que grandes empresas) y que te indiquen como van a actuar y quién en su caso les puede llevar los temas fiscales. En temas de obras en el extranjero se suele acudir en grupo los proveedores y buscar ahorro de costes en un asesoramiento conjunto a todos ellos.
No te puedo decir más la verdad, los temas internacionales son complejos por que piensa que hay 2 países con sus respectivas normativas, con convenios firmados entre ellos para evitar peleas entre ellos pero luego cada uno busca obtener mas impuestos, más cotizaciones sociales etc... vamos como la vida misma.
Espero que toda la información te ayude para situarte por lo menos un poco y que valores tus opciones a efectos de actuación.