Deposito cuentas anuales rechazadas

Me gustaría información sobre que medidas tomar ante un problemón que me he encontrado. Somos una pequeña empresa SL)(con un volumen de actividad económica irrisorio) que este año depositamos por primera vez las cuentas anuales en el registro mercantil, el caso es que después de volver de las vacaciones de agosto me encuentro con que han sido denegadas por el registro por tres causas:
1) Estar cerrada la hoja de la empresa por no haber estado presentadas las cuentas del anterior ejercicio
2) En el balance y las cuentas de perdidas y ganancias no se muestran comparativamente las crifras del anterior ejercicio
3) No hay un ejemplar del documento de información medioambiental debidamente firmado.
Este ultimo punto lo entiendo ya que no pensé que fuera necesario presentar la hoja en nuestro caso. Pero los otros dos nos ponen en un gran problema. El hecho es que la empresa se inscribió en el registro a fecha de 22/9/04, pero en realidad no hubo ninguna actividad económica (ni emisión de facturas, la liquidación del IVA de ese trimestre fue puesta como SIN ACTIVIDAD en Hacienda) hasta el primer trimestre del 2005, que dimos como entendido que seria nuestro primer ejercicio. ¿Cómo subsanar el asunto? ¿Cómo podemos depositar unas cuentas anuales de un ejercicio en el que no hubo actividad? ¿Por qué se nos comunica ahora que habría que haberlas depositado y no en su momento?. Otra duda es ¿Qué plazo tenemos para subsanar estos errores? (La resolución pone fecha de 9 de Agosto aunque nosotros lo hemos recibido el 5 de Septiembre).
Espero que nos puedas ayudar o al manos indicarnos los primeros pasos a seguir.