Justificantes medico

Quería saber si los justificantes médicos de "reposo 48 horas" son válidos, no solo como justificación de ausencia al trabajo, sino también para que esos dos días al trabajador no se le descuenten de la nómina.
Me han comentado que este tipo de justificantes solo son válidos para justificar la ausencia, pero que no valen a nivel administrativo, y que legalmente se le podrían descontar como absentismo esos días de la nómina, ya que están obligados a traer lo que es la baja por contingencias comunes que su médico debería de haberle realizado.
Quiero estar muy segura de ésto, ya que no quiero que luego encuentren una ley o RD que diga lo contrario.
Necesito urgencia en la respuesta.