¿Como se gestiona enfermedad sin baja?

Me gustaría que me indicasen como se ha de tratar la ausencia de un trabajador por enfermedad, pero sin baja medica, es decir, un trabajador esta enfermo, va al medico y no le da la baja, solamente un justificante de haber asistido a la consulta, pero ese trabajador, esta dos, tres o cuatro días sin ir a trabajar. A la hora de realizar la nomina se tiene que tener en cuenta esos días que no ha asistido como si fueran vacaciones, ausencias sin justificar, o como haría. Porque si es un día normalmente no se lo tengo en cuenta, se le pone como si fuera asuntos propios, pero cuando ya son varios entiendo que si no le han dado baja debería computarse de alguna otra manera.