Protusión

El pilates, como otras muchas cosas es bueno, si se hace bien. Te lo digo porque hay mucho monitor de pilates con una formación que ... en fin.
Pilates bien hecho: Ejercicios controlados, seguidos de cerca con un monitor con formación no solo en pilates, sino suficiente conocimiento anatómico (fisio, ¿quizás?), incluso de patologías como la tuya, y con poca gente en clase.
Luego tenemos el pilates con mucha gente y un poco 'al por mayor', que bueno, estará en ti el controlar que tus movimientos son los adecuados, aunque en alguna medida también el monitor te pueda orientar al respecto, dependiendo de su formación.
En cuanto a ejercicios buenos y ejercicios no buenos, mira el pilates se basa en el fortalecimiento del centro de gravedad del cuerpo, abdomen, lumbares, glúteos, suelo pélvico, ... todo esto te irá bien, siempre y cuando al realizar los ejercicios no haya dolor. Esto lo irás viendo tu con el tiempo. Yo procurarái no hacer ejercicios que supongan una extensión de tu columna lumbar, es decir, echarte para atrás, ya que supongo (aunque sea mucho suponer) que tus protusiones están hacia la parte de atrás (es lo más normal).