Incapacidad temporal autónomo sin SS

Hola. Mi marido es autónomo de la hostelería, lleva de baja desde enero por una lesión de rodilla de la que se tiene que operar, cobra la baja desde entonces a través de la mutua. En abril cesa actividad, ya que el negocio lo trabajaba el solo y no podía sustentar los gastos generados con el negocio cerrado. Sigue cobrando la prestación, pero el otro día le dicen en el ambulatorio que tiene que regularizar su situación porque no tiene derecho a la prestación medica al no cotizar ni ser beneficiario. Le dicen que se ponga de beneficiario mio, o familia sin recursos. Hoy hemos ido a la SS a cambiar la tarjeta para que sea beneficiario mio, cuando llegamos al ambulatorio le dicen que no le pueden entregar el parte de baja al ser beneficiario, que pase a hablar con el medico.
¿Qué es lo que hemos hecho mal? ¿Deberíamos haber seguido cotizando al régimen de autónomos aunque haya cesado actividad?
Gracias

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