Problema de velocidad en consulta MySQL

Tengo un problema con una base de datos en MySQL 5.0 le importo 3 millones de registros, le creo indices y se vuelve inmanejable ni el SQL-front puede hacerle una consulta, con solo docientos mil registros trabaja de maravilla por favor ayuda si la trabajo vía DSN con Fox access MSSQL trabaja bien pero la necesito en MySql

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Mysql puede con eso y más quizás el problema este en el programa o el Pc.

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