Te soy honesto... me corchaste pero, mirando el manual de Phpmyadmin encontré un vinculo que te comparto más adelante.
Nunca he tenido que hacer algo como lo que tu me preguntas. Una vez realice una "sincronizada" entre dos bases pero no es lo mismo.
Después de echarle una miradita a ese manual que te dejo le cacharrie un poco local y pues si me sincroniza aunque con Server remoto no lo he probado ya que las bases de datos que he desarrollado están en una GRAN RED local que no te puedo decir cual es.
Solo es cuestión que le cacharrees un poco. Me cuentas porque esta muy interesante el tema y pues me gustaría conocer cual es tu web.
Éxitos y espero te sea de ayuda.
Dios te Bendiga.
http://www.phpmyadmin.net/localized_docs/es/Documentation.html#faq9_19.1 ¿Cómo puedo sincronizar dos tablas/bases de datos en phpMyAdmin?
Se pueden sincronizar tablas/bases de datos en phpMyAdmin desde la funcionalidad de sincronización. Permite conectarse a servidores locales y remotos. Necesita que se ingrese el nombre del servidor, nombre de usuario, contraseña, puerto y el nombre de la base de datos. Por lo que se pueden sincronizar bases de datos ubicadas en el mismo servidor o uno remoto.
Esta funcionalidad es útil para los desarrolladores que necesitan replicar la estructura de la base de datos así como sus datos. Lo que es más, esta funcionalidad también facilita a un usuario el mantener una base de datos sincronizada con otra base de datos. Aparte de la base de datos completa, se pueden sincronizar sólo ciertas tablas de la base de datos.
Se necesita completar el nombre del servidor, el nombre de usuario y la contraseña de una cuenta de usuario existente en MySQL. El puerto es completado predeterminadamente con 3306 (el puerto predeterminado de MYSQL). Luego el nombre de la base de datos debería ser agregado al final. Toda la información distinta al puerto debe ser completada explícitamente tanto para los servidores de origen como de destino.
Luego de completar la fase de autenticación correctamente, se mostrarán los nombres de tablas origen y destino. Será una representación tabular.
A la izquierda estarán listadas los nombres de tablas de la base de datos de origen. Algunos de los nombres tendrán un signo más +precediéndolos. Esto significará que estas tablas sólo están presentes en la base de datos de origen y necesitan ser agregadas a la base de datos de destino para poder ser sincronizadas. Las tablas cuyos nombres no estén precedidos por un signo más + ya están presentes en la base de datos de destino.
A la derecha estarán listadas los nombres de tablas de la base de datos destino. Algunas de la tablas tendrán (not present) agregados a sus nombres. Esto significa que estas tablas deben de ser creadas en la base de datos de destino para poder sincronizar la base de datos de destino con la de origen. Algunos nombres de tablas tendrán un signo menos- precediéndolos. Esto muestra que estas tablas están sólo presentes en la base de datos de destino y se mantendrán sin cambios en la base de datos de destino. La columna en el medio muestra la diferencia entre las tablas origen y destino.
La diferencia es mostrada por botoes rojos y verdes con letras ES y de indicadno si la eStructura o los Datos no están actualizados. Al pulsarlos se volverán grises, que significa que serán sincronizados.