Lo más aconsejable es que te pases por la tesorería provincial de la seguridad social para dar de alta al trabajador los días del atraso y les expliques el mismo argumento que expones en tu consulta no tiene por que haber ningún tipo de problema ni de sanción porque han pasado pocos días, pero si lo dejas sin solucionar y por casualidad se presenta algún inspector de trabajo en tu empresa es cuando puedes tener verdaderos problemas además de la sanción económica que te pueden imponer.. También podrías hablar con el trabajador y hacerle un nuevo contrato y darle de alta con la fecha de inicio de la actividad laboral en la empresa, pero eso seria un fraude la seguridad social.. Lo más conveniente es hacer lo que te he explicado más arriba y no tendrías por que tener ningún tipo de problema, pero no lo dejes sin solucionar más tiempo..