Por lo que me comentas y si las ventanas son muy viejas puede ser que tengas varios problemas. Observa la ventana por el exterior, si en la unión con la pared hay algún tipo de rotura o grieta, debes sellarla, te aconsejo la masilla de poliuretano que se aplica como la silicona. La hay de varios colores y es pintable.
Te recomiendo que coloques juntas adhesivas para que al cerrar no entre el aire frió, Produce condensación y esta es la que muchas veces produce manchas y moho.
Doy por hecho que la pared es de 30 cm por lo que ha de tener cámara, si es así y las manchas están separadas de la ventana deberías comentarlo con un "buen" albañil. Piensa que lo verdaderamente importante es encontrar y eliminar el origen de la humedad. A continuación se pueden aplicar varias alternativas, todo lo demás son parches y chapuzas que es como tirar el dinero por la ventana.
Espero haberte ayudado, me gustaría que me dieras mas información para poderte asesorar mejo.