Duda en la cumplimentación del modelo 347

Desconocemos que programa informático utiliza, pero debería sacar estos datos de las facturas, no de los mayores de las cuentas de clientes o proveedores.

Habitualmente, estos programas cuentan con un "auxiliar" donde se guardan las facturas emitidas y recibidas y es aquí donde estarán los datos correctos.

De acuerdo con Abogados Edo.
Los programas, normalmente, usan bases de datos diferentes para la contabilidad y para los libros fiscales. Cuando hacemos un asiento, almacenan datos en las subcuentas (472, 477, etc.) y además en los registros de facturas recibidas y emitidas. Por eso, al hacer un asiento, se rellena también el registro de IVA (se abre alguna pantalla, hay algún apartado en la misma pantalla, etc.).
A la hora de calcular los impuestos, los programas usan los libros registro, no la contabilidad.
Tu programa parece que elabora los modelos con los datos de la contabilidad (el famoso contaplus lo hace así), lo que origina no pocas confusiones.
Tendrás que conocer como funciona el programa y en las cuentas que se usan para elaborar los modelos apuntar solo lo pertinente.
En tu caso, por ejemplo, la 430 la podrías usar solo para facturas emitidas y cobros, pero en ningún caso para los impagos.

El problema que planteas te lo tiene que solucionar el informático.

Cuando se contabiliza una devolución el programa no lo debe llevar al modelo 347, solo debe llevar la contabilización de la factura.