Autónomo o SL y beneficios y perjuicios en los impuestos.

Actualmente crear una SL tiene un coste mínimo pudiendo realizarse la misma de forma gratuita por parte de la asesoria, si esta es un punto PAE (Punto de atención al emprendedor) y gastos reducidos de Notaría y Registro Mercantil. En nuestra web puedes ver lo que te comento de forma detallad, aunque en un caso como tuyo pudiera haber algún coste adicional como asesoramiento, pero que sería el mismo para un autónomo, dado que es esta disyuntiva la que provocaría el asesoramiento. http://www.improdex.com/creacion-de-empresas.asp  
En cuanto a los costes mensuales de Asesoría el coste de llevar una SL será un poco superior al tener que presentar cuentas anuales y legalizar libros contables también de forma anual, mientras que un autónomo no tiene estas obligaciones. Lo que va a influir principalemente en la cuota de la asesoría va a ser el volumen de facturas mensuales emitidas y recibidas, las obligaciones fiscales (si hay que presentar más o menos modelos dependiendo de las operaciones - IVA, IRPF, IRPF Alquileres, 349 operaciones intracomunitarias, etc) y de si hay trabajadores y consecuentemente nóminas, seguros sociales, contratos, etc.
Para todo lo comentado que va a influir en los honorarios de asesoría va a dar igual si eres SL o autónomo.
Por otra parte lo que propones de que haya un solo autónomo y luego un contrato privado entre las partes no soluciona el problema fiscal ¿En concepto de que cobrarías los posibles importes a repartir? ¿Emitirías una factura? ¿Te contrataría? De otra forma el dinero que te diera sería una donación. Podría realizarse una Sociedad Civil aunque teniendo objeto mercantil como sabrás ya no tributan por IRPF sino por Impuesto de Sociedades por lo que tampoco lo veo muy factible. Entiendo que lo que dices es que te de un importe acordado del cual reste el coste fiscal que el haya soportado, pero en este caso no tendrías justificación para la tributación en tu renta. Te pongo un enlace intersante donde puedes ver las ventajas e inconveniente del tema de la Sociedad Civil http://infoautonomos.eleconomista.es/tipos-de-sociedades/sociedad-civil-caracteristicas-ventajas/
Aclarar que se puede estar en régimen general trabajando por cuenta ajena y ser autónomo a la vez. Es totalmente compatible.
El crear una SL implica que si tu socio trabajara en la sociedad dependiendo del tipo de actividad podría tener que darse de alta como profesional en IAE y facturar a la sociedad para cobrar. Por otra parte el importe que pagan los administradores de cuota de autónomos es más elevado que el de un autónomo que ejerce una actividad económica y tributa por IRPF.
Desde luego más allá de costes de asesoria la principal ventaja de que tu socio esté como autónomo y ver la forma de compartir ganancias, es la sencillez respecto a crear una SL con las implicaciones que te comentaba. Aunque hay que tener en cuenta otra serie de cuestiones como la imagen o la limitación de responsabilidad, en la SL.
En conclusión:
AUTÓNOMO-
Ventajas
Más sencillo, un poco más económico en el mantenimiento y gastos de asesoría. Cuota de autónomos más reducida, siempre que hablemos de autónomo único y no de lo que se plantea que son dos socios.
Inconvenientes
Al haber participación tuya como capitalista la forma de atar esta relación, jurídica y fiscalmente. Lo suyo sería una Sociedad Civil pero como adelantaba con la reciente reforma supone de facto estar equiparado a una SL en cuanto a tributación y obligaciones pero sin sus ventajas en cuanto a imagen o responsabilidad limitada,.
SL
Ventajas
Actualmente costes reducidos de constitución. Costes de festión similares a los de una Sociedad Civil, Mejor imagen (más imagen de empresa), responsabilidad limitada en caso de deudas, siempre que no haya responsabilidad por parte del administrador. Marco estatutario para regurlar la relación entre los socios. Relación laboral /profesional para socio que trabaja con el régimen fiscal correspondiente y relación capitalista con el otro socio tributando por los dividendos percibidos en caso de haber beneficios.
Inconvenientes
Es controvertido fiscal y laboralmente, en la actualidad el tema de la relación SOCIO TRABAJADOR/ADMINISTRADOR, lo cual dependiendo de tipo de actividad que se ejerza le puede permitir cobrar nómina o tener que facturar a la sociedad. Laboralmente dependiendo del porcentaje que posea puede encuadrarle en autónomos, régimen general o régimen general asimilado.
En cualquiera de los dos casos es conveniente que haya uno de los dos socios con más porcentaje en la sociedad ya que en caso de desacuerdo o conflicto puede quedarse bloqueada la toma de decisiones.
Resumiendo y como se puede ver es un tema lo suficientemente complejo y extenso como para una contestación en este medio, pero espero que te sirva como orientación.