Puede ser por muchas cosas:
1) Que sea tu primera vez y digamos el cuerpo tiene "acostumbrarse" a ello y por eso que no te sientas cómoda.
2) Los nervios, el estar nerviosa sin poder disfrutar del momento hace que la relación en vez de ser placentera sea mas dolorosa
Porque no pruebas antes de que penetre intente hacerlo con los dedos y veas si te duele o no, si ves que no te duele intente con la penetración pero poco a poco y ir probando, es decir, primero lento para ver si tu sientes dolor o esa incomodidad. Y un consejo disfruta del momento porque a veces estamos pensando en otras cosas(que si me va doler, que si no me gusta, que si lo siento aquí allí, ect... ) y eso lo hacemos inconscientemente que lo que lo que hace es que nos duela o no estemos disfrutando.
Si ves que al penetrarte con los dedos sigue doliendo ve al ginecólogo y que te mire a ver si puede pasar algo. Pero esto como última opción.
Suerte amiga y ya me contaras.