Efectivamente esos días no le cuentan para su jubilación o futura prestación a la que pudiese tener derecho.
Debe comunicárselo a la empresa y darle la opción a esta a arreglarlo, esta mediante solicitud a la seguridad social indicando que no dio el alta en plazo se la cambiaran a la fecha efectiva de alta, ahora bien, durante esos días la empresa no estuvo cotizando por usted, por lo que la seguridad social le reclamará ese importe dejado de ingresar con el correspondiente recargo y la posibilidad de ser sancionada por no dar el alta en plazo. Por este motivo es muy posible que la empresa le ponga pegas para regularizarle la situación.
En caso de que la empresa se niegue a arreglarlo, podría presentar una demanda ante inspección de trabajo y aportando la documentación que acredite su fecha de alta real, esta se la arreglaran directamente y procederán contra la empresa como crean conveniente.