Para saber responderte tu pregunta debes de saber cual es tu convenio laboral pues depende si trabajas en una institución como medico privado, de la sanidad publica, de que autonomía, ¿país por qué tendrá unas especificaciones según los artículos donde hagan mención a tus dudas ok?
En algunos convenios laborables los asuntos propios te los abona la empresa y puedes cogerlo sin que te los descuenten del sueldo así como también especificando cuantos días te pertenecen y cogerlos antes de que terminen el año natural o los pierdes en todo caso!
En otros convenios si te los quieres coger porque es tu derecho debes avisar con antelación y te los descuentan de tu nomina de ahí la importancia de saber exactamente a que convenio regulador perteneces en tu profesión.
Las vacaciones en todo caso independientemente tengas jornada completa de 40 horas o reducción de jornada te pertenecen los 30 días de vacaciones anuales por derecho, al pre jubilarte si no las disfrutaste tendrán que dártelas antes de jubilarte y disfrutarlas o abonártelas cuando te den el finiquito correspondiente.
Te aconsejo ponerte en contacto con los sindicatos asociados a tu profesión y explicarles lo sucedido ellos están al tanto de lo que la legislación y el convenio establece para garantizar tus intereses.