Si las tomaste de forma correcta todos los días no hay de que preocuparse por embarazo pero si quieres hacerte una prueba para relajarte un poco, adelante puedes hacerla :)
Sobre el flujo marrón como tal no es una infección, puede ser un efecto secundario de la toma de las pastillas, yo la primera vez al tomarlas presente un flujo marrón por casi un mes y es normal realmente, así que después mi cuerpo se adaptó y el consumo de ellas iba muy bien sobre mi cuerpo.
Si fuese una infección, presentarias otros síntomas como los típicos dolores, ardor, comenzon, etc. Y por lo que veo parece que no los hay, así que eso no es, solo un efecto de los anticonceptivos.