La verdad es que es poco complejo y más sin tener la documentación delante. Te voy a dar mi opinión, pero creo que lo mejor es dejarlo en manos de un profesional que pueda estudiar el caso en profundidad con toda la documentación.
En primer lugar hay que distinguir dos exenciones:
1 - Exención por la venta de la vivienda habitual para mayores de 65 años.
2 - Exención por reinversión en vivienda habitual.
Para ambas exenciones es aplicable la norma de que el contribuyente debe poseer el pleno dominio de la vivienda aunque sea parcial. Por lo tanto en el caso de tu madre, podría aplicar la exención por la parte del 50% que poseía en pleno dominio, no pudiendo aplicar exención alguna por la parte en que solo poseia el usufructo. Por esa parte en usufructo, debe declarar la alteración patrimonial y tributar por ella.
En cuanto a qué exención de las dos que corresponden (ya que son incompatibles entre sí), yo tendría dudas en aplicar la primera.